Grande e suggestiva struttura orientata ad est, costituita da un'unica navata separata dal presbiterio per mezzo di un iconostasi, nella navata vi sono i resti di 4 cappelle che appartenevano alle famiglie nobili Agatine.

Al di sotto della navata vi sono gli accessi alle 5 cripte dove venivano sepolti i cadaveri, che al tempo erano richiuse da grandi lastre di pietra ancora visibili Al di sotto del presbiterio vi è la cripta principale, utilizzata per seppellire le dignità ecclesiastiche.

Essa presenta un pozzo centrale attorno al quale vi sono 11 nicchie scavate nella parete, che andavano ad accogliere i cadaveri.

Nella zona presbiteriale è ancora visibile il pavimento originario ed i resti dell’altare, che era dedicato a San Nicola da Mira, un santo di tradizione bizantina.

È visibile sulla parete sinistra una Croce greca incisa nell’intonaco, all’esterno sul lato sinistro, vi sono i resti del campanile e della cappella del Santissimo Sacramento